引物设计软件，如何用DNAman 软件设计引物

时间：2022-08-16 02:32:27来源：整理作者：佚名投稿手机版

1，如何用DNAman 软件设计引物

DNAMAN软件可以设计引物吗？建议用primer 5或者oligo 6

2，引物设计的软件有哪些

primer 5,primer 6 ,beacon design, primer express在线的有primer3还有一些小的不出名引物设计软件，perlprimer，甲基化引物设计软件methprimer（名字记得不是很清楚了）

引物设计软件，如何用DNAman 软件设计引物

3，引物设计软件众多如何选择

确实，不同的软件设计的引物不一样。这与引物设计的参数设定有关。一般40到60%的GC含量，保证两引物间连续配对不超过6对，引物自身不形成loop就可以了。如果钱多任务急，可以考虑用多个软件给出的设计结果合成多对引物扩增看看。当然，资金紧张就算了。

引物设计软件，如何用DNAman 软件设计引物

4，已知CDS 如何设计引物P出全长

一般就是在CDS序列的上下游分别设计和序列互补的18-24bp的引物即可。但考虑的PCR的特异性等，建议用primer premier引物设计软件设计最好的一对引物。希望能帮到你！

5，引物的设计软件

■Oligo 6Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能：● 已知一个PCR引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列；●按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物；● 对环型DNA片段，设计反向PCR引物；●设计多重PCR引物；●为LCR反应设计探针，以检测某个突变是否出现；●分析和评价用其他途径设计的引物是否合理；●同源序列查找，并根据同源区设计引物；●增强了的引物/探针搜寻手段。设计引物过程中，可以Lock每个参数，如Tm值范围和引物3端的稳定性等；● 以多种形式存储结果；支持多用户，每个用户可保存自己的特殊设置。■Primer Premier 5.0Primer Premier 5.0 是一种用来帮助研究人员设计最适合引物的应用软件利用它的高级引物搜索引物数据库巢式引物设计引物编辑和分析等功能可以设计出有高效扩增能力的理想引物也可以设计出用于扩增长达50kb以上的PCR产物的引物序列。该软件主要由GeneTank 序列编辑，Primer引物设计，Align 序列比较，Enzyme 酶切分析和Motif 基序分析等几个主要功能板块组成。

6，引物设计软件众多如何选择

7，设计PCR引物的基本步骤和要点常用软件及其使用方法

长度20-25bp。gc含量45%左右，太高了退火温度就高。gc、at最好不要很多个接连着。不要有重复序列。用软件设计就行pp5什么的，或者网站也可以。直接把序列输进去就可以。不过设计好了之后要去ncbi上blast一下，看一下是不是特异的，该物种其他染色体上还有没有。

可以私聊我~

8，请问realtimePCR的引物怎么设计

我建议你下载一个primer express 的软件。做定量的引物比做普通PCR的引物要精细一些。用一般的引物设计软件其实不是特别合适。这个软件里面应该还附带说明书。不难学！如果你是用sybr，那么普通的设计软件也可以，但是尽量不要有二聚体！如果你是用taqman探针，我建议你用这个软件。

beacon disigner 专门用来设计定量pcr的软件，而且跟primer premier 一样，是傻瓜式操作，比较简单用primer premier也勉强可以设计，就比较手动一点了，一般70到200，尽量让引物跨内含子，就是一个引物处在外显子结合位点，希望对你有帮助！

9，为什么在线引物设计软件设计的引物在目标基因内找不到对应序列搜

一般对于已知序列的PCR当然不要从保守序列来设计引物,只要从开放可读框前后开始设计就行了.需要从保守序列设计引物的情况一般是两种,一是某个物种里面某个特定基因序列从未被分离过,但其进化关系相近的物种有分离出这个基因的同源基因,这样我们可以调取这些同源基因,对比查看它们的保守序列设计引物,然后就利用这对引物就可以获得这个物种的这个基因的部分序列.然后再设计RACE获得全长序列.另外一种情况则是设计通用引物,很多情况下我们并不需要知道某些基因的全部信息,只要知道他有没有,这种时候就可以根据保守序列设计通用引物.这样的引物可以跨越很多物种获取同一个基因的信息,而不需要根据某特异的物种额外设计多种引物.（搬运过来的，希望对你有帮助）

10，分子生物学实验中有哪些常用的软件

设计引物：primer5载体构建：DNAMAN比对序列：DNAMAN、DNAstar在线的：NCBI、EXpasy

分子克隆：snapgene http://www.snapgene.com/遇见snapgene之前大概使用过十几种分子克隆软件，直到有一天遇到了snapgene，发现它差不多集成了之前十几种软件的优点，同时摒弃了它们所有的缺点。最关键的一点，是精致打磨的设计感。真的美，美出声。特别是2.0版本之后出现的多序列比对功能，美妙极了。说几个很出彩的功能：多序列比对，刚说过了，谁用谁知道自动检测常规特征（common feature）自动引物设计。这里吐槽一下primer premier, 这个软件上市的时候，pcr酶还很弱小，引物质量会对结果产生比较大的影响，所以这个专门用来设计引物的软件考虑了很多的因素，难用一点也忍了。这么多年过去了，pcr酶已经非常强大，引物质量对结果的影响越来越小了，pp这种软件太过时了。相反snapgene的引物设计恰到好处，简单直接。支持gibson assembly，还可以自动设计引物。这里吐槽一下vector nti，有谁知道vector nti最新的版本11.5是哪年发布的吗？2010年，五年没更新过了。。直接导入genbank 序列号太多了，不想写了。最后再说下snapgene的价格，单一授权 $350/年，或$750/永久。文献阅读：readcubereadcube是以文献阅读为中心的文献管理软件，不同于endnote那种以引文为核心的管理软件。自动识别pdf文档中的信息，比如题目、作者、摘要、引文。对于生命科学的文献还是非常准确的，几年前听说其他领域的论文识别准确度不高，不知道现在改进没有。可以找到全文下载的连接，还可以通过大学图书馆的代理访问全文数据库。readcube和nature有合作，大家读nature论文的时候都能看到。说几个亮点：根据你的文献数据库，推荐和你研究兴趣最相关的文献smartcite：在word里双击ctrl可以插入参考文献。但是很难用，看来endnote那种技术还是有点难度的。免费！！！增值服务收费，$5/m，主要是云同步功能和引文趋势信息。有ios和android客户端，有云同步的话还是很爽的。实验记录：microsoft office onenote个人感觉onenote绝对可以成为一种宗教...用onenote做实验记录是一种怎样的体验呢？顺滑。两年前花费了一段时间在onenote上建立实验记录的规则，感觉就是需要的功能都以最舒服的方式摆在那里供我使用。其实也不全是，还是有极少数想要的功能没有的，摊手。等待office 2016吧。亮点太多了，不知道从哪说起：可以查询每一个字是在什么时间写下的，谁写下的（多人编辑的时候）。随时随地的计算器，做着笔记如果要算个乘法，只需要输入 “3*5=”，然后按下空格，直接显示结果。快捷键：检查框、创建表格、输入当前时间等等云同步和协作编辑。但是onedrive经常抽风，给中评。自动保存。自动保存就是你的光标停留在哪里，然后断电了，来电了，你打开电脑，光标还在那里。全局搜索，有ctrl+e 和ctrl+f两种搜索，不一样，很玄妙。太多了，onenote真的很棒，如果你恰好还有一台surface就更棒了，感觉像活在未来。还有一些软件，没有上面这么常用，以后再写吧。

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