大江户超能少女组的故事开端江户时代，有一个非常阴险的恶人无恶不作，那就是「他」，「他」最爱焚烧民宅，因为可以取暖，很多官兵都拿「他」没有办法。一位叫做平贺贤内（/HiragaKennai）的博士，创造了叫做Kennainumhe的化学物，用来对付「他」，平贺贤内博士在街上看中三名女孩子，就拿著Kennainumhe对著三位女孩子洒，顿时间，三位女孩子有了超能力，也能飞翔，平贺贤内深信，有了Kennainumhe，大江户超能少女组们就能轻易地对付「他」这个头号怪物。不过，大江户超能少女组的一位成员对平贺