数码宝贝第五部讲的吗故事发生背景略微是在未来了。网络世界「DigimonWorld」和「DigitalMonster」的存在被确认下来。数码世界和数码兽研究的第一人·大门英(だいもんすぐる)，开始努力探知数码兽的生态，然而通过研究，得知其中有少数的恶性数码兽存在。因此政府为了对数码兽采取对策，设立了「数码世界特别搜查部队·DATS（DigitalAccidentTacticsSquad）」。大门教授的独生子大门大(まさる)被物色为DATS的队员，与托马和淑乃(よしの)组成了3人小组，共同对抗恶性数码兽